建于1810年。1810～1927年校名為柏林大學(xué)，1828～1945年稱(chēng)柏林皇家弗里德里?！ね髮W(xué)，1845～1948年再度改稱(chēng)為柏林大學(xué)，1949年后改名柏林洪堡大學(xué)。1990年?yáng)|西德合并后，進(jìn)行了重大調整，多數教師為原西德教授所取代。從2000年開(kāi)始，為了配合歐洲高等教育的博洛尼亞進(jìn)程，開(kāi)始設立擁有學(xué)士學(xué)位和碩士學(xué)位的英美制的學(xué)系。2012年，成為首批“德國大學(xué)卓越計劃”的11所大學(xué)之一。

柏林洪堡大學(xué)在成立之初共有4個(gè)學(xué)院：法律、醫學(xué)、哲學(xué)與神學(xué)。學(xué)校共有52名教師及256位學(xué)生。至2013年共有11個(gè)院系，分別是：法律學(xué)院、農業(yè)與園藝學(xué)院、數學(xué)與自然科學(xué)院Ⅰ（包括物理學(xué)、生物學(xué)、化學(xué)）、數學(xué)與自然科學(xué)院Ⅱ（包括數學(xué)、信息學(xué)、心理學(xué)、地理學(xué)）、醫學(xué)院、哲學(xué)院Ⅰ（包括哲學(xué)、歷史學(xué)、圖書(shū)館與信息科學(xué)、歐洲民族學(xué)）、哲學(xué)院Ⅱ（包括德語(yǔ)文學(xué)、德語(yǔ)語(yǔ)言文化、北歐研究所、英語(yǔ)語(yǔ)言學(xué)、羅馬語(yǔ)言學(xué)、斯拉夫語(yǔ)學(xué)、古典語(yǔ)言學(xué)）、哲學(xué)院Ⅲ（包括考古學(xué)、亞洲與非洲學(xué)、文化學(xué)、藝術(shù)與繪畫(huà)史、音樂(lè )與媒體學(xué)、社會(huì )學(xué)、跨學(xué)科兩性學(xué)）、哲學(xué)院Ⅳ（包括教育學(xué)、康復學(xué)、體育、教育質(zhì)量發(fā)展研究）、神學(xué)院、經(jīng)濟學(xué)院等。各學(xué)院均設有本科、碩士、博士的專(zhuān)業(yè)。2014年，柏林洪堡大學(xué)擁有3所分校，學(xué)生36 986人，其中外國學(xué)生為4662人。

第二次世界大戰之前，柏林洪堡大學(xué)是世界學(xué)術(shù)的中心。兩個(gè)多世紀的辦學(xué)歷史取得了舉世矚目的成就，培養和造就了一大批世界知名的科學(xué)家、學(xué)者和大師。如A.A.邁克耳孫、G.李普曼、K.布勞恩、W.維恩、M.von 勞厄、M.普朗克、A.愛(ài)因斯坦、J.夫蘭克、G.L.赫茲、W.K.海森伯、E.薛定諤、M.玻恩等人獲得諾貝爾物理學(xué)獎；J.H.范托夫（1901，第一個(gè)諾貝爾化學(xué)獎獲得者）、E.費歇爾、A.von 拜爾、E.布赫納、R.威爾施泰特、F.哈伯、W.H.能斯特、P.J.W.德拜、A.博特納特（1939，但未接受）、O.哈恩、O.P.H.迪爾斯等人獲得諾貝爾化學(xué)獎；T.蒙森獲得諾貝爾文學(xué)獎；G.施特雷澤曼獲得諾貝爾和平獎。此外，曾任職或就學(xué)于該校的學(xué)者有哲學(xué)家G.W.F.黑格爾、J.W.費希特、F.W.J.von 謝林、L.費爾巴哈、A.叔本華，法學(xué)家F.C.von 薩維尼，神學(xué)家F.D.E.施萊爾馬赫，詩(shī)人H.海涅等。共產(chǎn)黨理論的創(chuàng )始人馬克思和恩格斯分別于1836～1841年和1841～1842年間在柏林洪堡大學(xué)學(xué)習。

柏林洪堡大學(xué)在創(chuàng )辦之初確定的教學(xué)與科研相結合、全面實(shí)施人文教育的辦學(xué)宗旨，成為現代大學(xué)精神之源。洪堡所倡導的學(xué)術(shù)自由,以及教學(xué)與科學(xué)研究相統一的原則,對德國、歐洲和北美乃至全世界大學(xué)的發(fā)展產(chǎn)生了深遠的影響。