赤潮監測包括生物指標監測和非生物指標監測。生物指標監測是測定誘發(fā)赤潮形成的生物因素，如浮游生物種類(lèi)、結構等。主要監測方法有：①赤潮生物種類(lèi)監測。通過(guò)調查某一水域浮游生物的種類(lèi)、密度和增殖速度來(lái)監測赤潮。②孢囊監測。赤潮生物的孢囊在外界條件適宜時(shí)，細胞即脫孢而出，產(chǎn)生大量的赤潮生物，引起赤潮發(fā)生，利用赤潮生物孢囊萌發(fā)與水溫的關(guān)系來(lái)監測赤潮。③葉綠素a監測。利用葉綠素a與浮游植物生物量的相關(guān)性，測定水體中葉綠素a的濃度可間接得到浮游生物的生物量，以此來(lái)監測赤潮。④赤潮水體中微生物監測。伴隨著(zhù)赤潮生物的大量繁殖和死亡，細菌大量繁殖來(lái)分解有機體，用細菌的監測結果來(lái)判別赤潮。⑤赤潮生物毒素監測。一些赤潮浮游植物能產(chǎn)生神經(jīng)性毒素，引起魚(yú)類(lèi)、貝類(lèi)等生物致病或死亡，根據魚(yú)類(lèi)、貝類(lèi)致病或死亡狀況可判別赤潮。非生物指標監測的監測指標包括水色、水溫、pH、透明度、光照、鹽度、溶解氧、營(yíng)養鹽、生化需氧量、微量元素、海流、潮汐等。

隨著(zhù)海洋監測技術(shù)的不斷發(fā)展，飛機遙感和衛星遙感技術(shù)也應用于赤潮監測。利用機載或星載設備可以獲得包括海面溫度、水體運動(dòng)、水色、海風(fēng)、海洋排污及葉綠素表層分布特征等，但不能獲得赤潮生物的種類(lèi)、數量等方面的資料。遙感技術(shù)和生物監測結合起來(lái)，才能更好地發(fā)揮作用。 赤潮監測是對赤潮進(jìn)行研究和實(shí)施管理控制的重要環(huán)節，為赤潮預測、預報和減災提供理論依據和技術(shù)途徑。